La directory /usr è la directory destinata ad accogliere la maggior parte dei programmi installati nel sistema. Tutti i file eseguibili che si trovano in questa directory non devono essere necessari all'avvio del sistema o alla sua manutenzione, dal momento che la gerarchia /usr molto spesso si trova su un filesystem separato. Date le sue dimensioni, spesso notevoli, /usr ha una propria gerarchia di sottodirectory; ne citiamo solo alcune:
/usr/X11R6: l'intera gerarchia di X Window System. Tutti gli eseguibili necessari al funzionamento di X (inclusi i server X) e tutte le relative librerie devono essere qui. La directory /usr/X11R6/lib/X11 contiene tutte le impostazioni di X comuni a tutti i sistemi. Le impostazioni specifiche per ogni sistema, invece, dovrebbero trovarsi in /etc/X11.
/usr/bin: questa directory contiene la maggior parte dei file eseguibili presenti nel sistema. Qualsiasi eseguibile che non sia necessario alla manutenzione e/o all'amministrazione del sistema deve trovarsi in questa directory, ad eccezione dei file relativi a programmi installati da voi stessi, i quali dovrebbero invece essere in /usr/local.
/usr/lib: questa directory contiene tutte le librerie necessarie all'esecuzione dei programmi che si trovano in /usr/bin e /usr/sbin. Contiene anche un collegamento simbolico /usr/lib/X11 che fa riferimento alla directory contenente le librerie di X Window System, /usr/X11R6/lib (sempre che X sia installato, naturalmente).
/usr/local: questa è la directory dove andrebbero installate le applicazioni personali. Durante l'installazione dovrebbe essere stata creata la gerarchia necessaria: lib/, bin/, etc.
/usr/share: questa directory contiene tutti i dati, indipendenti dall'architettura del sistema, necessari alle applicazioni che si trovano in /usr. Fra le altre cose, in questa directory si trovano le informazioni sul fuso orario e sulla localizzazione del sistema (zoneinfo e locale).
Ci sono anche le directory /usr/share/doc e /usr/share/man, che contengono, rispettivamente, la documentazione delle applicazioni e le pagine di manuale del sistema.