La directory root (it. “radice”) contiene l'intera gerarchia del sistema. Non può essere classificata dal momento che le sue sottodirectory possono contenere dati condivisibili oppure no, statici o variabili. Ecco una lista delle principali directory e sottodirectory, con la relativa classificazione:
/bin: file eseguibili essenziali. Questa directory contiene i comandi di base che saranno utilizzati da tutti gli utenti e che sono necessari per le normali operazioni del sistema: ls, cp, login, etc. Statica, non condivisibile.
/boot: contiene i file necessari al programma che gestisce il boot di GNU/Linux (grub o LILO per le piattaforme Intel). Questa directory può contenere il kernel, e se questo non si trova qui allora deve trovarsi nella directory root. Statica, non condivisibile.
/dev: contiene i file dei dispositivi di sistema (dev sta per DEVices). Statica, non condivisibile.
/etc: questa directory contiene tutti i file di configurazione caratteristici del sistema. Statica, non condivisibile.
/home: contiene le directory personali degli utenti del sistema. Questa directory può essere condivisibile o meno (in alcune reti molto grandi è resa condivisibile attraverso NFS). Variabile, condivisibile.
/lib: questa directory contiene le librerie essenziali per il funzionamento del sistema e, in /lib/modules, i moduli del kernel. Tutte le librerie necessarie ai programmi che si trovano nelle directory /bin e /sbin devono trovarsi in questa directory, come pure il linker ld.so. Statica, non condivisibile.
/mnt: directory contenente i punti di mount per i filesystem temporanei. Variabile, non condivisibile.
/opt: questa directory contiene pacchetti non indispensabili per il funzionamento del sistema. È consigliabile mettere i file statici (eseguibili, librerie, pagine di manuale, etc.) relativi a questi pacchetti in /opt/nome_del_pacchetto, e i loro file di configurazione in /etc/opt.
/root: directory personale dell'utente root. Variabile, non condivisibile.
/sbin: contiene i file eseguibili necessari all'avvio del sistema, utilizzabili solo da root. Anche un utente normale può eseguirli, ma senza andare troppo lontano. Statica, non condivisibile.
/tmp: directory destinata a contenere i file temporanei che alcuni programmi possono creare. Variabile, non condivisibile .
/var: directory per i dati che possono essere modificati in tempo reale dai programmi (ad es. dal server della posta elettronica, da programmi di controllo, dal server di stampa, etc.). Tutto il contenuto di /var è variabile, ma le sue varie sottodirectory possono essere o non essere condivisibili.